1941. gada pavasarī, Otrā pasaules kara laikā, Grieķiju okupēja nacistiskās Vācijas, fašistiskās Itālijas un Bulgārijas spēki. Valdība un karalis Georgs II devās trimdā, bet okupētajā valstī izvērtās pretošanās kustība. Grieķijas kalnainais reljefs ir ideāli piemērots partizānu karam. Lielākā partizānu kustība bija Nacionālā atbrīvošanās fronte, un tajā dominējošo lomu spēlēja Grieķijas komunistiskā partija. Jau drīz starp komunistiem un nekomunistiskajām pretestības grupām sākās domstarpības, kas ap 1943. gada vidu noveda pie atsevišķām sadursmēm. Lieki teikt, ka komunistiem bija vēsas attiecības ar liberālo trimdas valdību, tomēr 1944. gada maijā tika panākta vienošanās, ka komunisti iekļausies premjera Georgija Papandreu valdībā, un kad vācu spēki oktobrī pameta Grieķiju un Atēnās ieradās briti, šī nacionālās vienības valdība uzsāka darbu. Tomēr jau pēc pāris mēnešiem tā pajuka, jo komunisti nepiekrita atbruņot savus partizānus, kamēr regulārās armijas daļas, kas bija karojušas pret vāciešiem britu spēku sastāvā, tika saglabātas. Rezultāts bija vairāk nekā mēnesi ilgas ielu cīņas Atēnās starp Grieķijas valdības un britu spēkiem no vienas un komunistiem no otras puses. Tās noslēdzās ar komunistu sakāvi galvaspilsētā un piekāpšanos, piekrītot nolikt ieročus apmaiņā pret amnestiju un legālas politiskās darbības iespēju.
Tomēr nekāds galīgais izlīdzinājums netika panākts. No vienas puses, komunisti pilnīgi neatbruņojās un boikotēja vēlēšanas, kuras notika 1946. gada martā. No otras, antikomunistiskie spēki izvērsa pret daudziem komunistu aktīvistiem vajāšanas, gandrīz 1200 no viņiem nogalinot. Tikām Eiropā pamazām tuvojās Aukstā kara periods, un komunistu izredzes saņemt nozīmīgu atbalstu no Padomju Savienības šķita krietni pieaugušas. Grieķijai kaimiņos komunistiski režīmi bija izveidojušies Bulgārijā, Dienvidslāvijā un Albānijā. 1946. gada gaitā komunistu kaujas vienības pārņēma savā kontrolē vienu kalnu rajonu pēc otra, lietojot to pašu taktiku kā dažus gadus iepriekš pret vācu un itāļu okupantiem.
Grieķijas pilsoņu karš starp komunistu un valdības spēkiem ilga trīs gadus, un upuru skaits tajā tiek lēsts no 30 000 līdz 50 000.
Valdības armija rīkojās pietiekami apņēmīgi, tai bija skaitlisks un tehnisks pārsvars. Britus kā galvenos likumīgās Atēnu varas atbalstītājus nomainīja amerikāņi, cenšoties nepieļaut komunisma izplatīšanos Vidusjūras reģionā. Padomju Savienība no savas puses samērā atturīgi atbalstīja savus grieķu biedrus, ciktāl nostiprināšanās Grieķijā īsti neietilpa Staļina stratēģiskajos plānos. Daudz dedzīgāks grieķu komunistu balstītājs bija Dienvidslāvijas līderis Josips Brozs Tito. Taču 1948. gadā dienvidslāvu komunistu vadonim izcēlās konflikts ar Staļinu. Grieķu komunistiem nācās izšķirties, kurā pusē nostāties, un viņi izvēlējās Kremļa saimnieku, pēc kā Tito likvidēja grieķu komunistu t.s. Grieķijas Demokrātiskās armijas bāzes savā teritorijā. Ap to pašu laiku šī komunistu armija mēģināja iegūt kontroli pār vairākām lielām pilsētām, lai kādā no tām izveidotu komunistu valdības galvaspilsētu. Šajos mēģinājumos komunistu spēki noasiņoja, un 1949. gada vasarā valdības armija sakāva pēdējās Demokrātiskās armijas vienības Grieķijas ziemeļrietumos. Augusta beigās pēdējie komunistu kaujinieki atkāpās pār robežu Albānijā, un Grieķijas pilsoņu karš bija noslēdzies. Tomēr nacionālā izlīguma process starp kreisajiem un labējiem sākās tikai pagājušā gadsimta 80. gados, un šīs pretstāves sekas grieķu sabiedrībā jūtamas joprojām.
