Ap pulksten 01.15 naktī no kuģa pēkšņi atdalījās vizieris – atvāžamais kuģa priekšgals, caur kuru apakšējā klājā iebrauc automašīnas. Caur vaļējo priekšgalu kuģī sāka ieplūst ūdens, un jau pēc dažām minūtēm "Estonia" spēcīgi sasvērās uz labajiem sāniem. Ap pl.1.20 sānsvere jau bijusi tik liela, ka pa gaiteņiem un kāpnēm praktiski vairs nevarēja pārvietoties. Ap pl.01.50 "Estonia" pazuda no tuvumā esošo kuģu radaru ekrāniem. Katastrofa laupīja 852 dzīvības. Tā ir viena no upuru skaita ziņā smagākajām katastrofām kuģošanas vēsturē un smagākā, kas piedzīvota Baltijas jūrā pēc 1944. gada, kad padomju zemūdenes gremdēja bēgļiem pārpildītos vācu pasažieru tvaikoņus.
Oficiālā izmeklēšana notikušajā vainoja kļūmi viziera aizslēgu darbībā – vizieris neesot bijis aizvērts, kā nākas, un viļņi to atlauzuši. Pie lielā upuru skaita esot vainojama arī apkalpes nemākulība un nolaidība. Tomēr pagājušajā pusotrā desmitgadē publiskajā telpā uzpeldējis ne viens vien fakts, kas liek apšaubīt sākotnējās izmeklēšanas secinājumus. Par spīti nolīgumam, kuru parakstījušas visas Baltijas jūras valstis, izņemot Vāciju, un arī Lielbritānija, un kas aizliedz šo valstu pilsoņiem tuvoties "Estonia" vrakam, neatkarīgiem izmeklētājiem vairākkārt izdevies apskatīt un nofilmēt nogrimušo kuģi. Vācu žurnālistes Jutas Rābes versija pat pārtapusi mākslas filmā "Baltijas vētra", kas uzņemta Vācijā 2003. gadā, un vaino notikušajā krievu specdienestus. Viņas versijas būtība ir šāda: Krievijas armijai aizejot no Baltijas, vietējās varas struktūras pamanījušās pievākt šo to no padomju militārās tehnoloģijas. Par to ieinteresējušies Rietumu militāristi. Attiecīgās kravas sūtītas ar pasažieru prāmjiem caur Tallinas ostu. Krieviem tas nav paticis, un izplānota diversija – reisa laikā saspridzināt prāmja viziera aizslēgus.
Pēc minētās publicitātes arī Zviedrijas un Igaunijas tiesībsargājošās iestādes atsāka izmeklēšanu, un bija spiestas atzīt, ka iepriekšējos divos reisos pirms traģiskās nakts ar "Estonia" tiešām sūtītas slepenas militāras kravas.
Kādas – tas esot valsts noslēpums ar 70 gadu noilguma termiņu. Šai kontekstā visai "interesanti" izskatās gan zviedru valdības uzstājīgā vēlme apglabāt vraku betona sarkofāgā, gan minētais valstu nolīgums, sevišķi britu piedalīšanās tajā. Procesa sakarā tiek minēta arī dažādu dokumentu dīvaina nozaudēšana un pat deviņu igauņu apkalpes locekļu mīklainais liktenis. Kā apgalvots internetā atrodamās publikācijās, šie deviņi – tai skaitā jūras kapteinis Āvo Pihts un kuģa galvenais mehāniķis Lembits Leigers – vispirms reģistrēti izglābto sarakstos, bet tad pārceļojuši bojāgājušo listē. Viņus it kā redzējuši citi izglābtie un pat nofilmējuši vācu žurnālisti, taču videomateriālu kompānijai ZDF konfiscējušas vācu varas iestādes. Kā apgalvo daži avoti, no Stokholmas slimnīcām šie deviņi nogādāti Ārlandas lidostā, no kurienes ar nelielu privātu aviokompāniju čārterreisiem aizvesti nezināmā virzienā. Rēķini par čārterreisu apkalpošanu nosūtīti Savienoto Valstu vēstniecībai Stokholmā.
Savukārt 2020. gadā, nākot gaismā filmētāju atklājumam par caurumu vraka sānos, Igaunija, Somija un Zviedrija paziņoja, ka veiks jaunu izmeklēšanu.
Šī lielā cauruma atklāšana, kas vēlāk veidoja pamatu "Discovery Channel" dokumentālajai filmai, pamudināja atjaunotas spekulācijas par katastrofas cēloņiem un to, vai šis caurums radies brīdī, kad grimstošais kuģis ietriecās jūras dibenā, vai pirms vai pēc šī notikuma. Tallinas Tehnoloģiju universitātes eksperts Kristjans Tabri sprieda, ka caurums kuģa sānos, visticamāk, radies, kad 6000 tonnu smagais prāmis pēc nogrimšanas ietriecās jūras dibenā. 2023. gadā ekspertu komanda no Baltijas jūras dzelmes izcēla 1994. gadā nogrimušā prāmja "Estonia" priekšgala rampu. Šīs detaļas izpēte varētu palīdzēt ekspertiem labāk saprast, kas notika kuģa katastrofas laikā.
