Gleznotājs Jānis Gunārs Kalnmalis mācījies Aizputes septiņgadīgajā skolā (1946–1952, tag. Aizputes vidusskola) un no 1954.–1960. gadam mācības turpinājis Rīgas Lietišķās mākslas vidusskolas Telpu dekoratīvās noformēšanas nodaļā (tag. MIKC Rīgas Dizaina un mākslas vidusskolas Reklāmas dizaina izstrādājumu programma). RLMV pedagogi tolaik bija: gleznotāji – Jānis Ērglis (1891–1964; RLMV mācību pārzinis 1944–1947, 1953–1959, direktors 1947–1953, zīmēšanas pedagogs no 1959–?), Eduards Jurķelis (1910–1978; RLMV gleznošanas pedagogs 1945–1978), Kārlis Sūniņš (1907–1979; RLMV kompozīcijas pedagogs 1944–1967), Vitālijs Karkunovs (1925–2006; RLMV zīmēšanas pedagogs 1954–2005), scenogrāfi Imants Žūriņš (1923–2014; RLMV direktors 1959–1985), Valdis Treijs (1927–2002; RLMV Dekoratīvās noformēšanas nodaļas pedagogs no 1958, vadītājs 1960–1987), Pēteris Barons (RLMV Dekoratīvās noformēšanas nodaļas materiālu mācības pedagogs), tēlnieks Meijers Furmans (1921–1973; RLMV pedagogs, direktors 1953–1959) u.c.
Mācību laikā RLMV tika novērtēti Jāņa Gunāra Kalnmaļa akvareļglezniecības darbi.
No 1960. gada Jānis Gunārs Kalnmalis studēja LPSR Valsts Mākslas akadēmijas Glezniecības nodaļā (tag. Latvijas Mākslas akadēmijas (LMA) Vizuālās mākslas nodaļas Glezniecības apakšnozare). LMA Glezniecības nodaļas pedagogi bija gleznotāji: katedras vadītājs Vladimirs Kozins (1922–2023; LMA Glezniecības katedras pedagogs 1945–1995), Konrāds Ubāns (1893–1981; LMA Glezniecības katedras pedagogs 1925–1981), Nikolajs Breikšs (1911–1972; LMA Glezniecības katedras pedagogs 1925–1981), Ārijs Skride (1906–1987; LMA Glezniecības katedras pedagogs 1942–1964), Eduards Kalniņš (1904–1988; LMA Glezniecības katedras pedagogs 1945–1988), Indulis Zariņš (1929–1997; LMA pedagogs no 1958, Glezniecības katedras pedagogs no 1962, LMA rektors 1988–1997), Leo Svemps (1897–1975; LMA rektors 1961–1975) u.c.
Jānis Gunārs Kalnmalis absolvēja LMA Glezniecības nodaļu 1967. gadā ar diplomdarbu "Traktoristi" (audekls, eļļa, 174x204 cm), vadītājs Eduards Kalniņš. Viņam līdzās LMA Glezniecības nodaļu pie Eduarda Kalniņa absolvēja topošie gleznotāji: Gunta Liepiņa-Grīva ar diplomdarbu "Uz jauno hitu"/ "Žokeji", Roberts Muzis ar darbu "Būs skaidra diena", Vitolds Kačerovskis (1926–1995; vēlāk LPSR Mākslas fonda (MF) direktora p.i., 1975) ar diplomdarbu "Rīts manēžā", Aija Jurjāne (1944–2016; vēlāk JRRMV pedagoģe 1967–2016) ar darbu "Darba diena", Aldis Kļaviņš (LLMV pedagogs 1967–1976) ar diplomdarbu "Vingrotājas", Inese Ziemele ar darbu "Lašu vējš", Inta Dobrāja (1940–2020) ar darbu "Keramiķi" u.c.
Jānis Gunārs Kalnmalis, studējot LMA un pēc absolvēšanas darbojās bij. LPSR Mākslas fonda Lietišķi dekoratīvajā kombinātā "Māksla" – kā mākslinieks grafiķis strādāja "Mākslinieku nama" 2. stāvā (1966–1969, 11. novembra krastmala 35, Rīga) un vēlāk darbojās Dekoratīvās noformēšanas cehā (1974–1976), kur tolaik radošo brigādi vadīja mākslinieks, gleznotājs Kurts Fridrihsons (1911–1991). Līdzās Jānim Gunāram Kalnmalim strādāja interjera dizainere Ieva Spalviņa, Jānis Spalviņš (1948–2021), dizaineri: Andris Melbārdis (1941–2001), O.Jēkabsons un šrifta māksliniece V.Krasta. Otru ceha radošo brigādi vadīja gleznotājs Bruno Aide (1913–1994).
No 1976. gada Jānis Gunārs Kalnmalis strādāja par mākslinieku LPSR Mākslas fonda Dekoratīvās mākslas kombinātā (DMK) un izpildīja monumentālās glezniecības darbus. Autors veidoja monumentālus gleznojumus interjeros: bij. Baldones sanatorijai (1976, eļļa, apmetums, 5,1x6 m), bij. Ražošanas apvienībai "Aldaris" (1976, tempera, 3x6 m), bij. Rīgas 1. internātskolai (1977, eļļa, apmetums, 3x3,3x5 m), bij. padomju saimniecībai "Jelgava", bērnudārzam Līvberzē (1977, eļļa, apmetums, 2,8x11,2 m), bij. Dobeles rajona izpildu komitejai (1978, eļļa, apmetums 3x2,5x5,5 m), Iecavas putnu fabrikai (1979, 3,1x12 m), Rīgas TEC-2 (1984, kopā ar gleznotājiem Juri Zvirbuli, Juri Zīli (1931–2022), Pēteri Postažu) u.c. DMK radošos pasūtījumus līdzās Jānim Gunāram Kalnmalim izpildīja nozīmīgi gleznotāji: Džemma Skulme (1925–2019), Ojārs Ābols (1922–1983), Bruno Aide, Juris Zvirbulis, Juris Zīle u.c.
Jānis Gunārs Kalnmalis izstādēs piedalījās no 1969. gada, pirmā izstāde – Vissavienības Mākslas augstskolu diplomdarbu izstāde (1969, Maskava, Krievija). Vēlāk piedalījās Republikas Tēlotājas mākslas izstādē "Mākslas dienas-75" (1975, bij. Valsts Mākslas muzejs, LNMM), izstādēs "Darba cilvēks mākslā" (1976, bij. Jūrmalas izstāžu zāle), "Sports mākslā" (1978, bij. Jūrmalas muzejs, Dubulti), "Vai tu viņu pazīsti" (2004, "Melngalvju nams"), "Ainava" (2005, galerija "Laipa", Valmiera) u.c.
Mākslinieks kopš 1976. gada rīkoja personālizstādes: "Jānis Kalnmalis. Gleznas" (1976, Rīga; 1978, Dobeles kultūras nams), "Smaržo liepas" (2004, "Rīgas Galerija"), "Jūra un kuģi" (2009, galerija "Promenade", Liepāja), "Aploks" (2009, "Rīgas Galerija"), "Eiropas pilsētas gleznās" (2012, Kuldīgas Mākslas nams), "Apsnidzis ērkšķu krūms" (2012, LMS galerija), "Eiropas skati" (2014, Rīgas Sv. Pētera baznīca), "Saules izgaismotais dārzs" (2014, Liepājas muzejs), "Akmeņi un koki" (2016, Bauskas muzejs), "Krāsainā pasaule. Dažādu gadu dažādas gleznas" (2018, Rīgas Latviešu biedrības nama Baltā zāle), "Puķu dārzs" (2019, galerija "Mētras māja"), "Atskats" (2019, Liepājas muzejs), "Mans lielais Eiropas plenērs" (2019, Aizputes novadpētniecības muzejs), gleznu izstāde Rucavas tūrisma informācijas centrā (2022) u.c.
Kopš 1989. gada Jānis Gunārs Kalnmalis aktīvi piedalījās izstādēs un plenēros ārvalstīs: Somijā, Vācijā, Nīderlande, Beļģijā, Luksemburgā, Polijā u.c. Mākslinieks bija nominēts darbam radošajā rezidencē "Cite Internationale des Arts" (2003, Parīze, Francija).
Izstādēs Jānis Gunārs Kalnmalis eksponējis darbus portreta, ainavas, marīnas, klusas dabas žanros, gleznojis eļļas tehnikā uz audekla ar autoram raksturīgo pastozo triepienu.
Autors strādāja arī grāmatu grafikā, kā mākslinieks noformēja izdevumus: Šarafs Rašidovs "Varenais vilnis" ("Liesma", 1967), Otomārs Rikmanis "Labo darba rūķu valstībā" ("Liesma", 1973).
Jānis Gunārs Kalnmalis bija Latvijas Mākslinieku savienības biedrs kopš 1979. gada un tika uzņemts ar gleznotāju Laimdota Mūrnieka (1922–2011), Roberta Muža, Andreja Ģērmaņa rekomendācijām, LPSR MF DMK direktora V. Gustavsona izsniegtu raksturojumu, LMS Gleznotāju sekcijas priekšsēdētāja, gleznotāja Ojāra Ābola parakstītu ieteikumu un LMS valdes priekšsēdētāja, gleznotāja Edgara Iltnera (1925–1983) parakstītu lēmumu. Lēmumu pamatoja LMS valdes pozitīvs balsojums 15/28. PSRS MS Jāņa Gunāra Kalnmaļa biedra kandidatūru apstiprināja 1980. gadā. Mākslinieks piedalījās LMS rīkotajās ikgadējās izstādēs "Mākslas dienas" (kopš 1975) un "Rudens" (kopš 1977).
Gleznotāja darbi atrodas Latvijas Mākslinieku savienības muzejā, Latvijas Nacionālajā mākslas muzejā, Liepājas muzejā, Ventspils muzejā. Livonijas ordeņa pilī, Aizputes novadpētniecības muzejā, citos muzejos, kā arī privātkolekcijās Eiropā, ASV un Austrālijā.
Latvijas Mākslinieku savienība izsaka visdziļāko līdzjūtību mākslinieka Jāņa Gunāra Kalnmaļa tuviniekiem un kolēģiem.
