Nadals "US Open" nespēlēja arī 2012.gadā, kad dziedēja ceļgala traumu. Ņujorkā pēdējos trijos turnīros, kuros Nadals piedalījās, viņš tika līdz finālam. Spāņa rēķinā ir divi "US Open" čempiona tituli.
Atteikšanos spēlēt "US Open" Nadals nosauca par ļoti smagu lēmumu, taču paskaidroja, ka viņam pašlaik nav citas iespējas, kā pieņemt situāciju un centīgi gatavoties, lai atgriešanās brīdī būtu labākajā formā.
Labas plaukstas locītavu 28 gadus vecais Nadals savainoja jūlijā treniņā, un traumas dēļ izlaida Toronto un Sinsinati "Masters" turnīrus. Maijā Nadals uzvarēja Francijas atklātajā čempionātā, taču gada sākumā muguras savainojuma ietekmē zaudēja Stanam Vavrinkam Austrālijas atklātajā čempionātā, kā arī pieticīgi aizvadīja sezonas sākumu uz tenisita un izstājās Vimbldonas turnīra astotdaļfinālā.