2009. gada 15. jūlijā Estemirova, viena no ievērojamākajām Krievijas cilvēktiesību aizstāvēm un žurnālistēm, tika nolaupīta, dodoties uz darbu Krievijas Čečenijas galvaspilsētā Groznijā. Viņas līķis ar šautām brūcēm vēlāk tajā pašā dienā tika atrasts mežainā teritorijā Ingušijā, Ziemeļkaukāzā.
Krievijas prokurori nosaukuši iespējamo slepkavu, bet viņa atrašanās vieta nav zināma. Tikmēr Estemirovas kolēģi ir pārliecināti, ka patiesie vainīgie tiek slēpti un notikušajā ir iesaistīts Čečenijas līderis Ramzans Kadirovs.
ECT paziņoja, ka pastāv "paralēles" starp aktīvistes Natālijas Estemirovas slepkavību un citas cilvēktiesību aizstāves Annas Poļitkovskas slepkavību, kas arī ziņoja par iespējamiem cilvēktiesību pārkāpumiem Čečenijā.
Estemirova bija strādājusi pie simtiem augsta līmeņa un sensitīvām cilvēktiesību lietām, tostarp Krievijas valdības spēku iespējamiem nolaupīšanas, spīdzināšanas un slepkavības gadījumiem militāro kampaņu laikā Čečenijā.
Viņas slepkavība šokēja Krievijas pilsonisko sabiedrību un izraisīja starptautisku sašutumu. Pasaules līderi, tostarp Vācijas kanclere Angela Merkele un toreizējais ANO ģenerālsekretārs Bans Kimuns pieprasīja slepkavas saukt pie atbildības.
