Pleps ir Valsts prezidenta Egila Levita padomnieks tiesību politikas jautājumos. Kopš 2015. gada viņš ir bijis tā laika Valsts prezidenta Raimonda Vējoņa konstitucionālo tiesību padomnieks, liecina informācija prezidenta kancelejas mājaslapā.
Līdztekus Valsts prezidenta padomnieka darbam Jānis Pleps ir Latvijas Universitātes Juridiskās fakultātes Tiesību teorijas un vēstures zinātņu katedras vadītājs un docents.
Papildus darbam Valsts prezidenta institūcijā Pleps ir strādājis Saeimas Juridiskajā birojā kā juridiskais padomnieks, vēlāk bijis vecākais juridiskais padomnieks. Bijis Satversmes tiesas tiesneša palīgs no 2005. līdz 2008. gadam.
Akadēmiskā un pētnieciskā darba pieredzi papildina biznesa augstskolas "Turība" Juridiskās fakultātes Publisko tiesību katedras lektora un Biznesa tehnoloģiju institūta vadošā pētnieka amati. Pleps ar pārtraukumiem bijis nedēļas žurnāla "Jurista Vārds" tieslietu redaktors.
Bijis Valsts prezidenta Andra Bērziņa Ekspertu grupas pārvaldības pilnveidei loceklis. Pleps kopš 2015. gada ir Latvijas Nacionālās enciklopēdijas nozaru redakcijas kolēģijas loceklis.
Pleps ieguvis Latvijas Universitātē tiesību doktora zinātnisko grādu tiesību teorijā un vēsturē. Tāpat viņš ir vairāk nekā 120 zinātnisku publikāciju autors vai līdzautors konstitucionālajās tiesībās, tiesību teorijā un vēsturē un administratīvajās tiesībās. Uzstājies ar referātiem vairāk nekā 50 zinātniskajās konferencēs.
