Pēc prezidenta gāšanas varu pārņēma Pagaidu militārā padome, kas tika pakļauta starptautiskam spiedienam izveidot civilistu vadītu administrāciju. Maija vidū Pagaidu militārā padome un protestu līderi vienojās par trīs gadu pārejas periodu, kurā vara tiks nodota pilnīgi civilai pārvaldei. Tomēr notika strīdi par to, kāds būs šīs pārvaldes sastāvs, proti, vai vairākums būtu civiliedzīvotājiem vai militāristiem. Tādēļ sarunas starp abām pusēm noslēdzās bez vienošanās un tika pārtrauktas. Pēc tam drošības spēki centās izklīdināt galvaspilsētā Hartūmā esošos protestētājus, nogalinot aptuveni 100 cilvēkus.
Sarunas tika atsāktas trešdien pēc tam, kad Etiopija un Āfrikas Savienība, kas uzņēmās starpnieka lomu, izvirzīja priekšlikumus krīzes izbeigšanai. Līdz ar to naktī uz piektdienu Pagaidu militārā padome un opozīcija beidzot panāca vienošanos par varas sadali pārejas posmā līdz vēlēšanām. Abas puses pēc divu dienu ilgām sarunām vienojās izveidot valsts pārvaldes padomi, kurās prezidents rotācijas kārtībā būs militārpersona vai civilists. Paredzēts, ka šī padome vadīs valsti vismaz trīs gadus.
Āfrikas Savienības vidutājs Muhameds Hasans Lebats preses konferencē galvaspilsētā Hartūmā pēc sarunām sacīja, ka panākta vienošanās izveidot suverēnu padomi rotācijas kārtībā starp militārpersonām un civilistiem uz trīs gadu periodu vai nedaudz ilgāk.
Abas puses arī vienojušas izveidot neatkarīgu tehnokrātu valdību, tomēr sarunās tika nolemts atteikties no likumdošanas padomes izveidošanas, par ko bija panākta vienošanās agrāk.
Pagaidu militārās padomes vadītāja vietnieks Muhameds Hamdans Dagalo apstiprināja, ka vienošanās paredz piešķirt varu abām pusēm. "Šī vienošanās ir visaptveroša. Tā neparedz izslēgt kādu no pusēm un ietver izprotošu attieksmi pret visu Sudānas iedzīvotāju ambīcijām," skaidroja Dagalo,
Savukārt opozīcijas līderis Omārs al Degērs preses konferencē izklāstīja jaunās valdības prioritātes. "Viena no lielākajām šī valdības prioritātēm būs rūpēšanās par mieru. Prioritāte būs arī neatkarīgas izmeklēšanas uzsākšana, lai noskaidrotu un sauktu pie atbildības tos, kas nogalināja protestētājus," teica opozīcijas līderis.
Galvaspilsētas Hartūmas ielās pēc panāktās vienošanās iedzīvotāji uzsāka svinības, skandējot saukļus, ka mocekļu, proti, protestētāju izlietās asinis nav bijušas veltas. Panākto vienošanos atbalstījuši arī Apvienotie Arābu Emirāti, kas tāpat kā citas Persijas līča valstis izjūt simpātijas pret Sudānā pie varas esošajiem ģenerāļiem.
