2015. gadā Morsi tika piespriests nāvessods par sadarbību ar palestīniešu grupējumu "Hamas" un Libānas šiītu grupējumu "Hezbollah" ar mērķi iebrukt vairākos cietumos Ēģiptē, lai atbrīvotu gan Morsi, gan aptuveni 20 000 citu cilvēku. Par spiegošanu un sadarbību ar "Hamas" Irānas revolucionārajiem sargiem un citām ārvalstu organizācijām Morsi saņēma arī mūža ieslodzījumu. Tāpat 25 gadi ieslodzījumā tika piespriesti par slepenas informācijas nodošanu Katarai. 2016. gadā nāvessods un mūža ieslodzījums tika atcelti.
Arī pirmdien Morsi piedalījās kārtējā tiesas sēdē, kur tika izskatītas apsūdzības spiegošanā. Pēc vairāku minūšu ilga paziņojuma Morsi saļima un tika atzīts par mirušu. Sākotnējais nāves cēlonis ir sirdstrieka. Jau otrdien no rīta Morsi tika apglabāts Kairas Nasras pilsētas publiskajā kapsētā blakus vairākiem citiem "Musulmaņu brālības" augstu stāvošiem darbiniekiem. Bēru ceremonijā tika atļauts piedalīties vien dažiem viņa ģimenes locekļiem, kuru lūgums atļaut Morsi apglabāt viņa dzimtajā provincē tika noraidīts.
Vairāki komentētāji jau norādījuši, ka bēres ir notikušas pretrunā ar ēģiptiešu tradīcijām, liekot uzdot jautājumus par šādu steigu.
Morsi nāve ir izraisījusi visai asu nosodījumu un arī raisījusi virkni jautājumu. Tā, piemēram, ģimenes locekļi un advokāti norāda uz to, ka jau gadiem ilgi ir bijis zināms par bijušā prezidenta cukura diabētu, kā arī aknu un nieru problēmām, taču ieslodzījumā viņš pienācīgu medicīnisko aprūpi neesot saņēmis. Sešu gadu ilgā ieslodzījuma laikā viņam tikai trīs reizes ļauts tikties ar tuviniekiem.
Kā norādījusi cilvēktiesību organizācijas "Human Rights Watch" Tuvo Austrumu nodaļas izpilddirektore Sāra Lea Vitsone, šis ir šausminošs, bet pilnībā prognozēts iznākums, piebilstot, ka organizācija drīzumā bija gatavojusies publiskot ziņojumu par Morsi veselības stāvokli.
Vitsone arī aicinājusi Apvienoto Nāciju Organizāciju uzsākt neatkarīgu izmeklēšanu par nepārtrauktiem cilvēktiesību pārkāpumiem Ēģiptē un plaši izplatīto necilvēcīgo izturēšanos pret ieslodzītajiem.
Grupējums "Musulmaņu brālība" Morsi nāvi nosaucis par slepkavību, aicinot savus atbalstītājus visā pasaulē pulcēties pie Ēģiptes vēstniecībām. Savukārt no ārvalstu līderiem pirmais līdzjūtību izteicis Turcijas prezidents Redžeps Tajips Erdogans, notikušajā vainojot Ēģiptes tirānus un mirušo prezidentu nodēvējot par mocekli.