Bulgārijā un Ziemeļmaķedonijā dominējošā reliģija ir pareizticība un katoļu kopiena ir neliela. Svētdien un pirmdien viesojoties Bulgārijā, pāvests Francisks tikās ar Bulgārijas pareizticīgo baznīcas patriarhu Neofitu un apmeklēja pareizticīgo katedrāli Sofijā. Taču Franciska centieniem būvēt tiltus starp abiem lielākajiem kristietības novirzieniem ir savi ierobežojumi.
Bulgārijas pareizticīgo baznīca noraidīja ideju par pievienošanos pāvestam kopīgā dievkalpojumā vai lūgšanās, savu nostāju skaidrojot ar to, ka pāvestu ierasties vizītē bija uzaicinājusi Bulgārijas valsts. Arī otrdien, viesojoties Ziemeļmaķedonijā, lai neizsauktu citu pareizticīgo baznīcu neapmierinātību, nav gaidāma pāvesta privāta tikšanās ar šīs valsts Pareizticīgo Baznīcas vadītāju primasu Stefanu.
Maķedonijas pareizticīgo baznīca neatkarību jeb autokefāliju pasludināja pagājušā gadsimta 60. gados, taču pārējās pareizticīgo baznīcas to nav atzinušas.