Dabas katastrofa arī izraisīja kodolkatastrofu Fukušimā. 2011.gada 11.martā bojā gāja vairāk nekā 15 000 cilvēku; tūkstošos mērāms arī to skaits, kas joprojām ir bez vēsts pazuduši.
Cunami vilnis izraisīja pasaulē nopietnāko kodolkatastrofu kopš Černobiļas 1986.gadā. Jūras ūdens appludināja Fukušimas atomelektrostaciju, sabojājot dzesēšanas sistēmu, kādēļ notika kodolreaktoru serdeņu kušana un radioaktīvo materiālu noplūšana vidē.
Sešus gadus vēlāk seku novēršanas darbi joprojām turpinās, gaidāms, ka tie prasīs vismaz 30 gadus, radiācijas līmenis kodospēkstacijas iekšienē joprojām ir bīstami augsts.
No Fukušimas stacijas apkaimes toreiz evakuēja tūkstošiem cilvēku, bet tikai neliela daļa ir atgriezušies rajonos, kurus varasiestādes tagad uzskata par drošiem.