Pirmo sūdzību ECT iesniedza vēl pats Magņitskis dažus mēnešus pirms nāves, bet pēc tam tiesvedību turpināja viņa sieva un māte.
Eiropas Cilvēktiesību tiesas septiņu tiesnešu spriedums, starp kuriem bija arī Krievijas pārstāvis, bija vienbalsīgs.
ECT secināja, ka attiecībā uz Magņitski tika pārkāptas Eiropas Cilvēktiesību konvencijas normas:
- par spīdzināšanas aizliegumu saistībā ar apstākļiem, kuros viņš tika turēts apcietinājumā;
- par tiesībām uz brīvību un personas neaizskaramību;
- saistībā ar cietsirdīgu cietuma uzraugu izturēšanos un efektīvas izmeklēšanas trūkumu par viņu rīcību;
- par tiesībām uz dzīvību saistībā ar varasiestāžu nespēju aizsargāt viņa dzīvību un nodrošināt efektīvu nāves apstākļu izmeklēšanu;
- par tiesībām uz taisnīgu tiesu.
Vienlaikus Eiropas Cilvēktiesību tiesa noraidīja sūdzību par ko, ka Magņitska aizturēšanai nebija pamata, kaut arī uzsvēra, ka pirmstiesas apcietinājumā viņš turēts pārāk ilgi.
Krievija spriedumu var pārsūdzēt un otrdien norādīja, ka tuvākajos mēnešos izlems, kā rīkoties tālāk.
Magņitskis nokļuva izolatorā 2008.gadā. Viņu aizturēja aizdomās par to, ka viņš palīdzējis britu investīciju fonda “Hermitage Capital” vadītājam Viljamam Brauderam izvairīties no nodokļu nomaksas. Magņitskis savukārt apgalvoja, ka atklājis mahinācijas, kas ļāva Iekšlietu ministrijas augstākajām amatpersonām fiktīvi atgūt no budžeta pievienotās vērtības nodokli un izvest budžeta līdzekļus uz ārzemēm. Pēc viņa aplēsēm, šādā veidā varētu būt izkrāpti 5,4 miljardi rubļu jeb aptuveni 71,2 miljoni eiro.
2009.gada novembrī Magņitskis 37 gadu vecumā miris aizturēšanas izolatorā. Viņa pirmstiesas apcietinājums toreiz tika pagarināts vairākas reizes, neskatoties uz vairākkārtējiem lūgumiem pēc medicīniskās palīdzības.
Izmeklēšanas ekspertīze secinājusi, ka par nāves iemeslu kļuvis vairāku slimību kopums, jo slimības netika savlaicīgi diagnosticētas un netika sniegta medicīniskā palīdzība.
Tikmēr sabiedriskā komisija tiesību aizstāvja Valērija Borščeva vadībā, kā arī Krievijas Cilvēktiesību padome secinājusi, ka jurista nāves iemesls ir “spīdzināšanai pielīdzināmie” apstākļi un atteikums sniegt medicīnisko palīdzību, vēsta BBC.
2011.gada jūlijā aizturēšanas izolatora “Butirka” vadītāja vietniekam Dmitrijam Kratovam tika izvirzīta apsūdzība par nolaidību, kas novedusi pie cilvēka nāves, taču 2012.gada decembrī viņš tika attaisnots.
2013.gadā Magņitski atzina par vainīgu par izvairīšanos no nodokļu nomaksas, bet lieta par viņa nāvi tika slēgta.
