Dalībai Latvijas-Igaunijas līgā 2020./2021.gada sezonā LBS valde apstiprināja sešus Latvijas klubus, bet Igaunija būs pārstāvēta ar septiņām komandām. Līgā 13 komandām paredzēts izspēlēt divus apļus.
Latviju pārstāvēs “VEF Rīga”, BK “Ogre”, BK “Ventspils”, “Valmiera Glass VIA”, “Latvijas Universitāte” un BK “Liepāja”. Turpretim Igaunijas klubi līgā būs Tallinas “Kalev/Cramo”, “Avis Utilitas Rapla”, “Parnu Sadam”, “Tartu Ulikool”, “Rakvere Tarvas”, Tallinas “Kalev/TLU” un “TalTech”.
Pērno sezonu Latvijas-Igaunijas līgā neizdevās noslēgt pandēmijas dēļ. Savukārt Latvijas basketbola līgā (LBL) nenotika izslēgšanas turnīrs, bet par valsts čempioni kļuva "VEF Rīga" pēc Latvijas-Igaunijas līgas regulārajā sezonā sasniegtajiem rezultātiem.
