1939. gadā, kad Hitlers un Staļins slepeni sadalīja Centrālo un Austrumeiropu, nacistiskā Vācija no PSRS nelikumīgi un slepenībā atvēlētajām tertorijām uzsāka vāciešu evakuāciju. Tas skāra arī Latvijas un Igaunijas tradicionālo vācbaltiešu minoritāti, kas gadsimtiem ilgi bija veidojusi kultūras un politisko eliti, būtiski ietekmējusi šejienes kultūrvidi. Taču, Hitleram nevēloties, ka vācvalodīgā minoritāte nonāktu Staļina rokās, tika uzsākta tās evakuācija, galvenokārt uz Vācijas tikko kā okupētajām Polijas teritorijām. 1939.-1940. gadā no Latvijas faktiski piespiedu kārtā aizbrauca aptuveni 50 000 vācbaltiešu.
Daudz traģiskāks liktenis, līdzīgi kā citviet visā Eiropā, skāra ebrejus. Holokausts ir viena no melnākajām 20. gs. Eiropas vēstures līnijām. Arī Latvijā nacistiskās Vācijas okupācijas vara laikā no 1941. līdz 1944. gadam organizēja sistemātisku ebreju iznīcināšanu.
1941. gada 4. jūlijā, tūliņ pēc nacistu ienākšanas Rīgā, tika nodedzināts ebreju dievnams – Horālā sinagoga Maskavas priekšpilsētā. Sākās represijas pret ebrejiem. Turpmāk nacistiskās Vācijas okupācijas laikā, galvenokārt 1941. un 1942. gadā, sistemātiski izstrādātās masu iznīcināšanas akcijās Latvijā tika nogalināti ap 90 000 ebreju, to vidū ap 70 000 Latvijas ebreju un ap 20 000 no citām valstīm atvesto. Ebreju nogalināšanas plāni tika izstrādāti nacistiskajā Vācijā un tika veikti nacistiskās Vācijas totalitārās ideoloģijas dēļ, to galvenokārt īstenoja vācu nacistu vienības ar atsevišķu latviešu vienību līdzdalību.
Latvijas valsts tika dibināta kā taisnības valsts visām te dzīvojošajām minoritātēm, taču okupācijas režīmu apstākļos Latvija zaudēja savus cilvēkus – cienījamus līdzpilsoņus, to starpā arī daudzus cīnītājus par neatkarīgu Latvijas Republiku, saimnieciskajā un kultūras dzīvē aktīvus cilvēkus, vienkārši draugus, paziņas un kaimiņus.
