Tobrīd divas trešdaļas pāvesta valsts tika pievienotas Itālijai, Svētajam krēslam paturot tikai Romu un nelielu apgabalu ap to. Itālijas parlaments, sanācis uz pirmo sesiju Turīnā, lēma, ka valsts galvaspilsētai jāatrodas Romā, tomēr to īstenot tobrīd neatļāva Francijas imperators Napoleons III, izvietodams Romā franču garnizonu pāvesta interešu aizsardzībai.
Tomēr desmit gadus vēlāk, Francijai ciešot sakāvi Franču-prūšu karā, Itālija atguva rīcības brīvību. Karaļa Viktora Emanuela mierīga risinājuma piedāvājumu pāvests Pijs IX nepieņēma, 1870. gada septembrī Itālija pieteica pāvesta valstij karu, un desmit dienas vēlāk itāļu armija ģenerāļa Raffaeles Kadrona vadībā pēc simboliskas apšaudes ar niecīgajiem pāvesta spēkiem iegāja Romā.
Pāvests atteicās no jebkāda diplomātiska risinājuma, izolējās savā galvenajā rezidencē Apustuļu pilī, paziņoja, ka atrodas Romas gūstniecībā, un izslēdza Itālijas karali no baznīcas. Nākamos 59 gadus pāvesti konsekventi vairījās publiski pamest savu rezidenci Vatikāna kalnā, demonstrēdami, ka viņi neatzīst Itālijas valsts suverenitāti pār Romu.
Risinājumu izdevās rast tikai 1929. gadā, kad pāvests Pijs XI, karalis Viktors Emanuels III un Itālijas premjerministrs un vadonis Benito Musolīni noslēdza tā dēvēto Laterānas vienošanos. Līgums stājās spēkā 1929. gada 7. jūnijā, un kopš šī brīža pasaules kartē parādījās jauna valsts – Vatikāns, kuras teritorija aptvēra dažus kvartālus Romas centrā. Ar savu nepilno puskvadrātkilometru teritorijas un apmēram 800 iemītnieku tā ir mazākā suverēnā valsts pasaule.