Aizaug gan mazās upītes, gan lielākās – Mūsa un Lielupe, kuru dažviet var pārbrist. Ap 80% aizaugšanu sekmē lauksaimniecība, jo mēslojums nonāk upēs un tur veicina zāles augšanu.
Līdz ar aizaugšanu izzūd vai samazinās atsevišķu zivju sugu izplatība. Piemēram, sapalu ir palicis mazāk, jo šīm zivīm ir nepieciešama straume. Sarūk arī brīvā laika pavadīšanas iespējas – makšķerēšana, peldēšanās – šīs nodarbes ne visur vairs ir pieejamas. Bauskā it kā pastāv veikparks, taču šogad tas palicis neizmantots, jo upe ir pārāk sekla.
Vides pētnieki iesaka upju krastos vai pie lauksaimniecības zemes iekārtot meliorācijas dīķus, kas uzsūc lauksaimniecības notekūdeņus. Ja zemes īpašnieki ir iekārtojuši šādus dīķus, tad viņi saņem kompensācijas, savukārt, ja nekas nav darīts, tad īpašniekus soda ar naudas sodu.
Patlaban upju zāles tiek regulāri izpļautas, taču šis un citi tamlīdzīgi pasākumi dod tikai īslaicīgu risinājumu.